Сюжет игры идет параллельно оригинальному сюжету Манги.Организация Хеллсинг ведет бои против упырей и вампиров, используя свое главное оружие - Алукарда.В городе Чедер стало известно о священике-убийце.Полиция выслала отряд Д-11 в этот город с целью убить священика.Одновременно с этим, Хеллсинг отправляет Алукарда с той же миссией в город Чедер.Огранизация Миллениум следит за всем происходящем и собирает информацию о своих врагах.

Сюжет некоторе время будет идти параллельно манге, пока не соберется достаточно персонажей для начала первого квеста.